Σε αίθουσα του πρώτου ορόφου του Ιλίου Μελάθρου παρουσιάστηκαν από το 2001 ως το 2006 τα σημαντικώτερα προστήματα του Νομισματικού Μουσείου την περίοδο 1994-2000.
- Τετράδραχμο Ιεράπυτνας Κρήτης, χρονολογία κοπής: 2ος-1ος αιώνας π.Χ. — ΝΜ ΒΕ 741/1999
- Aureus Γαλερίου (305-311 μ.Χ.), χρονολογία κοπής: 296-297. — ΝΜ ΒΕ 709β/1998
- Σόλιδος Ουιτίγιδος (536-540 μ.Χ.), Οστρογότθου ηγεμόνος, στο όνομα του Ιουστινιανού Α΄. — ΝΜ ΒΕ 761β/1999
- Μολυβδόβουλλο Ανδρονίκου Α΄ Παλαιολόγου (1282-1328 μ.Χ.). — ΝΜ ΒΕ 762α/1999
- Χαλκό χυτό μετάλλιο για τον αυτοκράτορα Ηράκλειο (610-641 μ.Χ.), παρισινού πιθανότατα εργαστηρίου, χρονολογία κοπής: 1400-1402. — ΝΜ ΒΕ 763/1999
Συνεχίζοντας μια μακρόχρονη παράδοση, που ανάγεται πριν από τα μέσα του 19ου αιώνα, απλοί ιδιώτες, δημόσιοι και ιδιωτικοί φορείς, οργανισμοί, κρατικές υπηρεσίες συνέβαλλαν ως δωρητές, χορηγοί και κληροδότες στον εμπλουτισμό του Μουσείου με σημαντικό αριθμό νομισμάτων –συμπεριλαμβανομένων συλλογών και «θησαυρών»- όλων των εποχών, μεταλλίων, σταθμίων, μολυβδοβούλλων και άλλων τεχνέργων της μικροτεχνίας και της μικρογλυπτικής.