Η παραίτηση του βασιλιά της Ισπανίας Καρόλου Δ΄ από τον θρόνο του το 1808 ενίσχυσε την ιδέα της ανεξαρτησίας ανάμεσα στις χώρες της Νότιας Αμερικής.

Στο Περού είχαν προηγηθεί οι εξεγέρσεις του Χουάν Σάντος Αταουάλπα που αυτοανακηρύχθηκε Ίνκα το 1742, και του Τούπακ Αμάρου Β΄, απογόνου του τελευταίου Ίνκα, μεταξύ των ετών 1780 και 1783. Ο τελευταίος ξεσήκωσε επανάσταση εναντίον των Ισπανών που επεκτάθηκε σε όλο το Περού και συνεχίστηκε ακόμη και μετά την εκτέλεσή του το 1781.

Στις αρχές του 19ου αιώνα εμφανίστηκαν στο Περού τοπικά απελευθερωτικά κινήματα από αυτόχθονες και Κρεολούς (Ισπανούς γεννημένους στην Αμερική), αλλά κατεστάλησαν από την Ισπανική αντιβασιλεία της Λίμα. Σε αντίθεση με άλλες αποικίες που σταδιακά κήρυτταν την ανεξαρτησία τους, το Περού υπήρξε το κύριο οχυρό της Ισπανικής αυτοκρατορίας στη Νότια Αμερική και η βάση των αντεπαναστατικών δυνάμεων.

Παρόλα αυτά, το 1820 ο Αργεντινός Στρατηγός Χοσέ ντε Σαν Μαρτίν (1778-1850), αφού απελευθέρωσε την Αργεντινή και τη Χιλή, έφτασε στις ακτές του Περού με τον «Απελευθερωτικό Στρατό». Ο Σαν Μαρτίν νίκησε τις αποικιακές δυνάμεις και ανάγκασε την Ισπανική αντιβασιλεία να εγκαταλείψει τη Λίμα και να οχυρωθεί στο εσωτερικό (Κούσκο).

Στις 28 Ιουλίου 1821 εισήλθε στην πρωτεύουσα και ανακήρυξε την Ανεξαρτησία του Περού. Στη συνέχεια, το 1822 παραχώρησε τον έλεγχο στον Στρατηγό Σιμόν Μπολίβαρ (1783-1830), που είχε προηγουμένως απελευθερώσει τη Βενεζουέλα, την Κολομβία και τον Ισημερινό.

Η πλήρης ανεξαρτησία και η οριστική νίκη επί των Ισπανών ήρθε λίγο αργότερα, το 1824, μετά τις σημαντικές νίκες των δυνάμεων του Μπολίβαρ και του υπολοχαγού του, Αντόνιο Χοσέ ντε Σούκρε στις μάχες του Χουνίν και του Αγιακούτσο.