Οι Προκεραμικοί πολιτισμοί (περ. 3000 – 1800 π.Χ.) στις Άνδεις είναι μοναδικοί, καθώς αστικά κέντρα με μεγάλους ναούς με γήλοφους εμφανίστηκαν πολύ πριν οι άνθρωποι κατασκευάσουν κεραμικά, υφάνουν υφάσματα ή βασιστούν σε αγροποιμενικές δραστηριότητες. Το Καράλ-Σούπε (Caral-Supe) στην κοιλάδα Σούπε θεωρείται ο παλαιότερος πολιτισμός και το αρχαιότερο αστικό κέντρο στην Αμερική.

Η ακόλουθη Αρχική Περίοδος (περ. 1800 – 200 π.Χ.) παρουσιάζει βαθιές αλλαγές όσον αφορά την επιβίωση, η οποία πλέον βασιζόταν σε γεωργικά προϊόντα και εξημερωμένα ζώα, καθώς και στην παραγωγή αντικειμένων. Ο πιο διάσημος από τους πρώτους περουβιανούς πολιτισμούς, ο Τσαβίν (Chavín), ένωσε τις τοπικές κοινότητες από την ακτή μέχρι τα υψίπεδα. Δημιούργησε εντυπωσιακά μνημεία και εισήγαγε μεταλλουργικές καινοτομίες, συμπεριλαμβανομένης της δημιουργίας κραμάτων χρυσού με ασήμι και χαλκό. Την ίδια περίοδο, τα πλούσια κτερίσματα που εντοπίζονται σε διάφορες θέσεις, συμπεριλαμβανομένων του τελετουργικού κέντρου Κούντουρ Γουάσι (Kuntur Wasi) στην ορεινή ζώνη και του Παράκας (Paracas) στην ακτή, υποδηλώνουν ότι σημαντικές κοινωνικές αλλαγές βρίσκονταν σε εξέλιξη.

Κατά την Ενδιάμεση περίοδο (περ. 200 π.Χ. – 650 μ.Χ.), η διακυβέρνηση στα υψίπεδα και κατά μήκος της ερήμου της ακτής βρισκόταν στα χέρια καλά εδραιωμένων ελίτ. Οι Μότσε (Moche) δημιούργησαν το πιο αναγνωρισμένο στυλ τέχνης που αναπτύχθηκε στις ερημικές κοιλάδες του βορρά. Ανήγειραν επίσης σημαντικούς γήλοφους-μνημεία, όπως η Ουάκα δελ Σολ (Ναός του Ήλιου) και η Ουάκα δε λα Λούνα (Ναός της Σελήνης). Εν μέρει σύγχρονος των Μότσε ήταν ο πολιτισμός Νάζκα (Nazca), ο οποίος παρήγαγε εντυπωσιακά κεραμικά και υφάσματα, διατηρώντας την προγενέστερη πολύχρωμη παράδοση του Παράκας.

Κατά τον Μέσο Ορίζοντα (περ. 650 – 1000 μ.Χ.) αναδύθηκαν σταδιακά οι πρόδρομοι της μετέπειτα Αυτοκρατορίας των Ίνκας. Οι αυτοκρατορίες των Ουάρι (Wari) στον βορρά και Τιγουανάκου (Tiwuanaku) στον νότο ήταν και οι δύο μαχητικές, συγκεντρωτικές και ιεραρχικές, ενώ παράλληλα παρουσίαζαν συγγένειες στις τέχνες και την εικονογραφία. Στο Τιγουανάκου, η άρχουσα ελίτ ανήγειρε επιβλητικούς ναούς συμπεριλαμβανομένου του μεγαλύτερου τεχνητού γήλοφου-πλατφόρμας στις νότιες Άνδεις. Αντίστοιχα, οι Ουάρι έχτισαν μια μεγάλη πόλη κοντά στο Αγιάκουτσο, η οποία άκμασε για περίπου 300 χρόνια.

Στην Ύστερη Ενδιάμεση Περίοδο (1000-1476 μ.Χ.), η αυτοκρατορία Τσιμού (Chimu) κυβέρνησε από την πόλη Τσαν Τσαν (Chan Chan), η οποία είναι πιθανώς η μεγαλύτερη πλίνθινη πόλη στον κόσμο, και εδραιώθηκε σε μεγάλο μέρος της ακτής. Αυτή ήταν η δεύτερη μεγαλύτερη ιθαγενής αυτοκρατορία της Νότιας Αμερικής. Οι Σικάν (Sicán – Lambayeque), οι οποίοι έχτισαν πλίνθινες πυραμίδες, ήταν οι μεγαλύτεροι αντίπαλοι των Τσιμού στην ακτή μετά τη διάλυση της πολιτικής οργάνωσης των Μότσε.

Μεταξύ 1200-1400 μ.Χ. εμφανίστηκαν πολλά μικρά βασίλεια στα υψίπεδα των Άνδεων. Ωστόσο, μόνο δύο παρουσίασαν την κοινωνικοπολιτική πολυπλοκότητα των παράκτιων αυτοκρατοριών. Αυτοί ήταν οι Τσατσαπόγιας (Chachapoyas), που έχτισαν μεγάλα φρούρια και πόλεις στην περιοχή Σαν Μαρτίν, και οι Ίνκας στην περιοχή του Κούσκο.